２，　東京訴訟の因果関係論の特質
　　もとより，不法行為における因果関係は，責任原因となる「侵害行為」と賠償の基礎となる「結果」の間の因果関係が問題となる。
　　原告側が主張した自動車メーカーの侵害行為は，充分な排出ガス対策を行わないまま大量の自動車を製造・販売した行為である。他方，「結果」は，個々の原告の呼吸器疾患の発症・増悪である。
　　そして，この侵害行為と結果との間の因果関係の論証にあたって，もっとも大きな課題とされたのは，大気汚染への暴露と呼吸器疾患の発症・増悪の間の因果関係の立証であることは前記の通りである。
　　この発症・増悪の因果関係についての立証を尽くした上で，さらに自動車メーカーらの侵害行為と個々の原告の被害との間の因果関係を，全ての原告について整合的に主張・立証するには，いくつか乗り越えなくてはならない課題があった。
　　まず，第一に，東京訴訟は，先行する大気汚染訴訟に比べて，対象地域が極端に広いという特質がある。たとえば，西淀川訴訟は西淀川区一区が訴訟の対象であった。川崎訴訟は，川崎区と幸区の二区に留まる。そこでは，原告が暴露した大気汚染の濃度について，複数の一般局があったとしても，その平均をもって，全地域に汚染が均一に広がっていたという，一種の「みなし」が適用可能であった。
　　しかし，東京訴訟においては，対象地域が広大であり，しかも場所によって汚染濃度に開きがあった。一般的には都心部が高濃度であり，周辺部に行くに従って濃度が低下する傾向がある。道路が集中する千代田区と，周辺部に位置する葛飾区や練馬区などをまとめて，全てを同等の汚染状況とは言い切れない面があった。
　　第二に，東京訴訟が後発訴訟であることの必然的な結果として，原告の発症・増悪の時期が昭和３０年代から平成１０年過ぎまで，長い期間に散らばっているという問題がある。この時間の長さは，同時に，大気汚染について，主要な汚染物質の変遷をともない，また同一の汚染物質の中でも実測濃度の変化が相当あった。
　　第三に，このように地域的・時間的な広がりが大きいことから，疫学調査などを利用して発症・増悪の因果関係の立証に成功したとしても，これを面的汚染の存在に活用するためには，「本件疾病の発症・増悪の原因たる大気汚染濃度」を設定する必要があるという特質があった。
　　すなわち，東京訴訟では，「面的汚染の存在」が主要な立証対象とされたが，一般論でいえば２３区全域に大気汚染が広がっていることは，争いのない事実ともいえるのであり，焦点は，厳密にいえば「本件疾病の発症・増悪の原因たる大気汚染濃度」が，２３区全域に広がっていたか否かということになる。
　　そして，いわゆる一般局は，その地域に普遍的に存在する大気汚染の状況を測定しているとされていることから，２３区内の汚染の濃度は，一般局の実測濃度によって示されることとなる。
　　結局，面的汚染の立証といっても，実際は，疫学調査などから導かれる「本件疾病の発症・増悪の原因たる大気汚染濃度」と，地域代表性のある一般局濃度との対比，およびその基準となる濃度を超過した時期と個々の原告の発症・増悪の時期の対比を行うことが必要となった。
　　疫学調査等から導かれる発症・増悪の基準濃度は，千葉大調査の自排局濃度から導かれる自排局基準濃度，同じく一般局濃度から導かれる一般局基準濃度，短期影響調査から導かれる増悪基準濃度(以上いずれもＳＰＭとＮＯ2それぞれ)と，ＡＨＳ調査から導かれるＳＰＭの日平均値の基準濃度超過日数の基準を設定した。
　　そして，具体的な作業としては，個々の原告ごとに，その原告が直近の一般局濃度に暴露したことを前提に，発症・増悪の時期を特定し，その直前５年間について，これらの基準濃度の超過の事実があることを個々の原告ごとに整理して，個別の暴露の実態を明らかにした。